Do zabiegu resekcji wierzchołka korzenia dochodzi, gdy nie ma możliwości ponownego leczenia kanałowego albo gdy zmiany okołowierzchołkowe mu nie uległy. Leczy on daleko idący stan zapalny, którego symptomami mogą być nieznośne bóle, nasilające się podczas nagryzania. Towarzyszy im obrzęk polika, obecność uwypukleń na dziąśle oraz w niektórych przypadkach nawet gorączka. Dochodzi do zapalenia poprzez reakcję organizmu na bakterie, które znajdują się w kanale korzeniowym. Resekcja precyzyjnie oczyszcza kanał, poprzez zlikwidowanie jego uszkodzonej części.
Chirurg stomatologiczny na wstępie podaje znieczulenie miejscowe, dzięki czemu zabieg jest całkowicie bezbolesny. Nieprzyjemność i lekkie bóle występują dopiero z czasem, w wyniku gojenia się rany, powstałej w rezultacie otwarcia tkanki miękkiej w okolicy korzenia. Pozwala to na odsłonięcie kości i zlikwidowanie zakażonej albo zapalnie zmienionej tkanki, razem z wierzchołkiem korzenia. Następnie dla uszczelnienia, kanał wypełnia się przeznaczonym do tego cementem (MTA). Pozostałe ubytki kostne, wypełnia się biomateriałem. Na koniec chirurg stomatologiczny pokrywa to miejsce specjalną membraną. Po operacji zalecane jest używanie mroźnych okładów oraz spożywanie chłodnych posiłków i napojów, najlepiej o rzadkiej konsystencji, aby nie wywołać krwawienia. Należy się również stosować do zaleceń i przyjmować wszystkie leki w określonych przez stomatologa dawkach.